一种与番木瓜果实腔室直径显著相关的snp分子标记、方法及应用-k8凯发

本发明属于生物，尤其是一种与番木瓜果实腔室直径显著相关的 snp分子标记cpa03g018680:-337、方法及应用。

背景技术：

1、番木瓜是一种热带常绿果树，为番木瓜科番木瓜属多年生肉质草本植物，又名乳瓜、石瓜、万寿果、番瓜、木冬瓜、木瓜、莲生果。其原产于墨西哥和中美洲，广泛栽培于全世界的热带和亚热带地区，自17世纪传入我国，主产于广东、海南、广西、云南、福建、四川西昌和江西赣州等地区。番木瓜鲜果外形美观、皮薄肉厚、汁多味甜、气味香甜、营养丰富。成熟番木瓜果肉呈黄色或红色，胡罗卜素、番茄红素含量丰富，具有卓越的保健效果和重要的食用价值和工业价值。发展番木瓜生产将极大刺激食品加工、医药卫生、美容保健和养殖业等相关产业的发展，具有重要的意义。

2、番木瓜育种充分利用自然变异品种、运用现代生物技术手段（基因工程技术、远缘杂种胚离体培养技术、功能基因组学）筛选和培育出优异番木瓜品种，相关领域的研究学者对番木瓜的全部基因组的测序已经完成，这些为更好的利用生物信息技术方法开展高密度的特异性标记，提供了可能性，使相关研究会变得更精准、便捷、迅速，为进一步基因的克隆与应用提供了良好前提条件；无性系培养工程技术、胚培养等的不断的发展，能够使远缘杂交育种成为可能；对番木瓜采用分子标记分析时可使用qtl定位分析，可以准确使相关基因准确定位表达；通过基因工程技术，导入抗病基因和其他有用基因，达到改善番木瓜品种的目的。

3、全基因组关联分析(genome-wide association analysis,gwas)是一种基于连锁不平衡理论的成本低、精度高的基因分型方法,用于影响复杂性状的基因或基因组区域定位。随着果树各树种基因组的陆续公布，近年来gwas在果树研究中得到广泛应用。能够识别与特定性状相关联的分子标记，利用这些分子标记可以进行分子标记辅助育种(molecularmarker-assisted breeding, mab)，从而加快新品种的选育。

4、番木瓜目前按食用用途可分为水果用番木瓜和菜用番木瓜，野生番木瓜果实较大，对于食用用途的番木瓜来说，大果型在现在以消费者为导向的市场中并不受欢迎，反而是可供一人食的小果型更受消费者喜爱，因此在番木瓜育种中对果实大小的选择较为重要。番木瓜果实腔室直径在果实大小这一复杂性状选择中有重要意义。

技术实现思路

1、本发明的目的在于克服现有技术上存在的问题，提供一种与番木瓜果实腔室直径显著相关的 snp分子标记cpa03g018680:-337、方法及应用。

2、本发明解决技术问题所采用的技术方案是：

3、一种与番木瓜果实腔室直径显著相关的 snp分子标记，所述分子标记为cpa03g018680:-337，分子标记cpa03g018680:-337位于seq id no.1所示核苷酸序列的第234位，所述第234位碱基为g或t，其中，gg基因型的果实腔室直径小于tt基因型。

4、进一步地，所述分子标记与番木瓜果腔大小基因cpa03g018680极显著相关p<0.01。

5、如上所述的snp分子标记在番木瓜育种方面中的应用。

6、如上所述的snp分子标记在番木瓜果实大小筛选方面中的应用。

7、如上所述的snp分子标记在检测与番木瓜果实大小相关的snp分子标记的试剂的应用，所述应用为预测番木瓜果实大小，其中，所述snp分子标记位于seq id no.1所示核苷酸序列的第234位，所述第234位碱基为g或t，其中，gg基因型的果实腔室直径小于tt基因型。

8、seq id no.1所示核苷酸序列：acaacttcccaaataatgtgagtcttttattatcgtaaatttgaaaattttaacttttttatcttttagtaacttcagcattcaatatttttttaatttttttcatttatttattcttaattaacattatttagcagcaaattattagaaaaattaattcttaattataaaataaaattaagaatcattaattcacgagtttctttgtctcttataataattttaaccatgaagaaattgaaagcaaacaatatgtattaaatttatatatgttggtttttttttttaatattatcaaacaataagcatatgttaaagtgagactatccatcaagtccaatacatatattgttatttaatttttaatttgaatcataatttaaagtcttcataaattataataaatattaacaattacataaatctcactccgaaacagtataaaaaaatataacttcaattgaaatcttattaaaatgaagaaactcaaaaatcttatgtaacagccccgaaaattcataatggaatgtatattaaaaatatcaaatgcgaaagcgaagtca。

9、如上所述的snp分子标记在检测与番木瓜果实大小相关的snp分子标记的试剂的应用，所述应用为番木瓜果实大小高品种的选择，其中，所述snp分子标记位于seq id no.1所示核苷酸序列的第234位，所述第234位碱基为g或t，其中，gg基因型的果实腔室直径小于tt基因型。

10、如上所述的snp分子标记在检测与番木瓜果实大小相关的snp分子标记的试剂的应用，所述应用为番木瓜果实大小相关的分子标记辅助育种，其中，所述snp分子标记位于seq id no.1所示核苷酸序列的第234位，所述第234位碱基为g或t，其中，gg基因型的果实腔室直径小于tt基因型。

11、一种检测与番木瓜果实大小相关的snp分子标记的方法，所述snp分子标记位于seq id no.1所示核苷酸序列的第234位，所述第234位碱基为g或t，以含有所述snp分子标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以番木瓜基因组dna为模板进行pcr扩增，检测扩增产物的基因型，其中，gg基因型的果实腔室直径小于tt基因型，所述引物对的上游引物为：seq id no.2，下游引物为：seq id no.3。

12、本发明取得的有益效果是：

13、1、本发明cpa03g018680:-337（g/t）位点g等位基因与番木瓜果实腔室直径极显著相关,对cpa03g018680:-337（g/t）位点处携带等位基因型的检测，有助于筛选番木瓜果实腔室直径的提前选择。

14、2、本发明基于gwas分析筛选获得一种与番木瓜果实腔室直径相关的snp分子标记，果腔直径即测量果实中央腔最大处的直径，计算平均值。单位为cm,精确到0.1cm，所述snp分子标记可应用于检测番木瓜果实腔室直径育种材料，有助于快速检测育种材料，辅助杂交育种，缩短新品种培育周期，且检测成本较低、不受环境限制、检测结果准确性高、易重复。目前尚未有人用这种检测方法检测番木瓜中与果腔直径相关的snp分子标记。